临床症状轻，若得不到及时治疗，部分人可能导致不同的合并症。因此，诊断必须结合病史、体检和实验室检查。若不能化验衣原体，在排除淋菌感染后，可选用广谱抗生素治疗。常用治疗方案如下：

        阿奇霉素1.0克，顿服；或强力霉素0.1克，每日2次口服，共7日。也可选用红霉素、美满霉素、罗红霉素等。若合并附睾炎、前列腺炎时，可适当加大剂量，延长疗程。

        服药时一定按照医生的决定，注意不同药物的适应症及禁忌症。要强调性伴侣同治。治愈前，原则上停止性生活。

        用强力霉素或阿奇霉素完成治疗后，病人无需复查，除非症状还存在或怀疑再感染。

        对复发性和持续性非淋菌性尿道炎或非淋菌性宫颈炎，应排除再感染或合并其它病原体感染。必要时加服甲硝唑（灭滴灵）2克，顿服。

        此外，应当强调，引起非淋菌性尿道炎或宫颈炎的微生物，如解脲支原体、念珠菌等，可以在一些健康人的尿道或阴道内发现，并不一定导致疾病。化验时发现这些微生物，有时毫无意义。而且，非淋菌性尿道炎或非淋菌性宫颈炎，可以治愈。目前一些以营利为目的、有广告色彩的鼓励人们去进行相应化验的“科普文章”，具有明显的误导性。