非淋性尿道炎的潜伏期为1～3周，平均2周左右。由于病情发展缓慢，症状不典型，约有一半的病人在初次就诊时被漏诊。其典型的临床症状为：尿道刺痒，伴有轻重不等的尿急、尿频、尿痛与排尿困难，尿道外口稍红肿，有少许稀薄的粘液性分泌物，量少，有时需挤压前尿道时才能发现少许分泌物。
在治疗期间，患者应尽量避免性生活，对于个人衣物，如内衣、内裤等要单独清洗，由于沙眼衣原体和支原体均对温度敏感，沙眼衣原体在56° C～60° C 时，5～10分钟即被灭活，而支原体在55° C 时，5～15 分钟即被灭活。所以个人衣物应在清洗前用沸水浸泡15分钟以上，以达到彻底消毒的目的。
完全治愈后，一般不再复发，只有一小部分病人，由于治疗不彻底，形成慢性阶段，容易反复，并出现尿道不适等症状。为防止复发，应洁身自好，性生活时注意卫生清洁，可戴避孕套，并注意少饮酒及少吃刺激性食物，多饮水，避免受凉，对防止复发有较大帮助。
